新疆位于亚洲中心地带，是丝绸之路的重要通道和枢纽。在海上交通没有开通以前，东方和西方之间的联系和交往都是通过丝绸之路进行的。大约从公元前4世纪起，盛行于东方和西方的一些宗教，就沿着丝绸之路陆续传入新疆。原始宗教阶段就不多言了，直接从多种宗教并存阶段开始。
第一阶段：多种宗教并存
汉唐时期：以佛教为主要宗教的多种宗教并存格局。
构成这一格局的宗教除佛教外，还有原始宗教（包括萨满教）、祆教、道教、摩尼教、景教等。这一格局一直维持到伊斯兰教传入，历时一千多年。
西汉疆域图（公元前202年―公元9年）
东汉疆域图（公元25年-220年）
唐朝动态地图（618--907年）
最早传入新疆的外来宗教是产生于古代波斯的祆教。
祆教是中国对琐罗亚斯德教的异称，俗称“拜火教”、“火教”、“火祆教”等，公元前6世纪由琐罗亚斯德创立。
从伊犁、乌鲁木齐出土的祆教文物推断，大约在公元前4世纪前祆教就已传入新疆。
祆教在新疆的早期传播情况不详。
从魏晋至唐宋时期，祆教频频见诸文献记载。
如《魏书》、《新、旧唐书》等记载，于阗（今和田地区）、高昌（今吐鲁番地区）、焉耆等地“其俗好事天神”、“俗事天神，兼信佛法”。
这里的“天神”，指的就是祆教。
拜火教遗迹
据在敦煌发现的唐代《沙州伊州地志》（残卷）记载，当时哈密有一座祆教的寺庙，里面画满了祆教的壁画。
该庙庙主还曾前往长安朝见皇帝，因在长安表演了利刃穿腹术和神灵附体，并准确预言了一些国家大事，得到了皇帝的赏赐，还被封“游击将军”。
祆教在吐鲁番地区尤为盛行。近年来在吐鲁番地区出土的文书中，有不少关于祆教的内容。还出土了陶棺等祆教的文物，反映了祆教在当地的盛况。
祆教在新疆虽然曾十分盛行，但是它从来没有取得过官方宗教的地位，只是在民间流行。以后逐渐与当地的原始宗教相融合，成为民间信仰的一部分。
伊斯兰教传入后，由于信仰祆教的维吾尔等民族逐渐接受伊斯兰教，祆教日趋衰落，宋朝以后不再见于记载。
为庆祝“诺鲁孜节”， 迎接春天的到来，新疆阿瓦提乡各族群众欢聚一起。
祆教虽然作为一种宗教在新疆消失了，但是作为一种文化，却在曾经信仰过它的民族中留下了深深的印记。
维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等历史上信仰过祆教的民族，至今仍保留着祆教拜火的习俗，祆教的重要节日“诺鲁孜节”，也作为这些民族重要的传统节日一直保留到现在。
公元前1世纪，佛教经克什米尔首先传入新疆于阗（今和田地区）。不久，又经中亚传入疏勒（今喀什地区）。
此后佛教沿着丝绸之路南北两道传播到且末、若羌、莎车、叶城、库车、阿克苏、焉耆、吐鲁番、哈密等塔里木盆地周围各个绿洲。
到公元四五世纪时，佛教已成为新疆的主要宗教，进入其发展的鼎盛阶段。
当时，塔里木盆地周围各绿洲，佛寺、佛塔林立，僧侣成群；
于阗、龟兹、疏勒、高昌等佛教中心相继形成；
佛学研究和佛经翻译十分兴盛，并达到了很高的水平，出现了鸠摩罗什等许多著名的佛学大师和佛经翻译家。
阿富汗巴米扬大佛--塔利班统治阿富汗时期被塔利班炸毁
新疆最大的佛教遗迹—克孜尔千佛洞
公元5至7世纪，由于柔然、突厥等游牧民族的不断袭扰和各割据政权间的兼并战争频繁发生，新疆社会长期陷入动乱，社会经济受到严重破坏。
佛教寺塔的建筑，千佛洞的开凿，大规模佛事活动的频繁举行，以及僧侣队伍的不断扩大，更加重了劳动人民的经济负担。
人们从对佛教的信仰中既没有得到生活的改善，也没有得到精神的慰藉，因而逐渐失去了对佛教的热情，佛教在新疆开始趋向衰落。
道教传入新疆的时间大约在公元4－5世纪。
当时主要在汉人比较集中的哈密、吐鲁番等地区流传。
哈密和吐鲁番是新疆进出中原地区的咽喉，从汉代起就是汉人活动的主要地区之一，也是中原文化传入最早、影响最大的地区之一。
北魏以来，在吐鲁番地区相继出现了由阚、张、马、麹内地四姓豪门建立的汉族政权。
唐朝统一新疆后，唐朝统治者推崇道教的政策进一步促进了道教在新疆的发展。
当时，在佛教盛行的哈密地区，道教的宫观同佛教的寺庙数量相等，可见道教势力的强大。
摩尼教又称“明教”。公元3世纪中叶由波斯人摩尼创建。
公元6世纪前后，随着中亚摩尼教徒不断来新疆经商或定居，摩尼教随之传入。
隋唐时期，来新疆的中亚摩尼教徒与日俱增，他们在阿勒泰、吐鲁番、罗布泊等地定居下来，在当地形成了摩尼教徒聚居区。
摩尼传教
新疆----高昌回鹘摩尼教遗迹
由于他们聚族而居，不积极传教，所以摩尼教当时在新疆居民中没有得到广泛传播。
9世纪中叶，曾以摩尼教为国教的回鹘迁入新疆，才使摩尼教迅速传播开来。
回鹘人聚居的高昌，是摩尼教东方教区主教驻节之地，也是新疆摩尼教的中心。
从吐鲁番出土的摩尼教寺院文书看，当时在高昌、交河、唆里迷（今焉耆）等地，建立了大量摩尼教寺院和宗教组织，出现了一支庞大的僧侣队伍，寺院经济十分发达。
摩尼教壁画
和佛教徒一样，高昌的摩尼教徒也十分重视石窟的开凿和绘制宣扬摩尼教教义的壁画，近年来在吐鲁番地区已发现了30多幅摩尼教的壁画，以及文物和遗址。
后来，随着回鹘人改信佛教，摩尼教逐渐衰落。
但直到宋代，吐鲁番、和田等地仍有摩尼教徒在活动。
景教是中国对基督教聂斯脱利派的称谓。
景教传入新疆的时间大约在公元6世纪。
初期主要流行于吐鲁番地区。
西辽至蒙元时期，由于统治者实行宗教自由政策，景教迅速传播到新疆各地，进入其在新疆发展的鼎盛阶段。
景教古迹
当时新疆伊斯兰教中心喀什噶尔，成为景教25个行教区的第19教区和主教驻节之地。
意大利著名旅行家马可·波罗路过新疆时，看到沿途的喀什噶尔、叶尔羌、和田、轮台、伊犁、吐鲁番、哈密等地，都有景教的教堂或景教徒。
同一时期的其他外国旅行家，也有大致相同的记载。
这一时期信仰景教的畏吾尔人很多，以致一些旅行家说，“在所有畏吾尔(一作畏兀儿，蒙元时期对回鹘的汉文译写)的城市中，都有聂斯脱利派教徒”，“畏吾尔人是聂斯脱利派的基督教教徒”。
当时维吾尔人中还出现了马可斯和拉班·巴扫马两位十分著名的景教人物。两人在前往基督教圣地耶路撒冷朝拜途中，因遭遇战争停驻叙利亚。
不久，马可斯就被马拉加城景教大总管委任为驻中国“总主教”，后又被任命为景教东方教会“大总管”。
元代以后，除伊犁地区外，景教在新疆已基本消失。
第二阶段： 南伊斯兰教北佛教
这一阶段的关键节点是：唐与阿拉伯帝国的怛罗斯之战。
在这一阶段，唐朝在怛罗斯之战中战败，唐帝国失去对中亚的掌控，导致伊斯兰触角开始深入新疆。
简要说一下怛罗斯之战：唐玄宗时唐朝的安西都护府与来自阿拉伯帝国的穆斯林与中亚小国联军在中亚诸国相遇而导致的战役。战役的发生时间在751年7月-8月（唐玄宗天宝十年）。以阿拉伯帝国惨胜告终。这是阿拉伯与大唐几次边境冲突中唯一一次打胜安西军。
唐朝时期（618--907年）
安史之乱后吐蕃入侵
安史之乱，唐朝彻底失去对西域的掌控。
伊斯兰教通过对和田的宗教战争，逐渐将佛教势力排挤出南疆地区，形成南疆以伊斯兰教为主要宗教，北疆以佛教为主要宗教的格局。
16世纪初，伊斯兰教在东察合台汗国的强制推行下，最终取代佛教成为新疆的主要宗教。在这一阶段，由于维吾尔等民族中的大部分人被迫接受了伊斯兰教，原来主要由这些民族所信仰的宗教，如祆教、摩尼教、景教等便逐渐在新疆消失了。
佛教、道教只是在汉族等民族中流行。17世纪初，卫拉特蒙古人接受藏传佛教后，佛教又在北疆地区兴盛起来。此后，基督教、天主教、东正教也相继传入新疆。新疆的宗教格局演变为以伊斯兰教为主要宗教的多种宗教并存的格局。
第三阶段：伊斯兰教
7世纪中叶，伊斯兰教随着阿拉伯军队的军事征服传播到中亚地区。
后来，阿拉伯入侵者对中亚的统治虽然崩溃了，但伊斯兰教已经成为这里的主要宗教，还出现了一些由当地封建主建立的伊斯兰政权。
其中，与新疆毗邻的萨曼王朝就是这样一个由当地塔吉克人建立的伊斯兰政权。
当时新疆地区共有三个地方政权：于阗王国、高昌回鹘王国和喀喇汗王朝。
北宋时期（960-1127年）
中国唐朝末年、五代十国直到宋朝初年，以河西地区敦煌为中心的一个政权。
归义军由张议潮反抗吐蕃起兵后所建，一度统治了河西地区十一个州，后来收缩后则主要割据瓜州（今甘肃安西东南）、沙州两州，历经张氏、曹氏两个氏族统治时期。
840年，回鹘汗国灭亡，有大批回鹘流落河西走廊。
大中二年（848年）张议潮收复瓜沙二州，三年收复甘肃二州，四年收复伊州，咸通二年（861年）收复凉州，“西尽伊吾，东接灵武；得地四千余里，户口百万之家；六郡山河，宛然而归”。
节度押衙是归义军政权的中坚支柱和核心力量。
节度使通过押衙，将各个阶层的官员都纳入归义军府的系统中，扩大了归义军政权的统治基础。
咸通十一年（870年）九月，回鹘入侵，於西桐海（今敦煌西南阿克塞哈萨克自治县的苏干湖）为归义军节度使张淮深所败，咸通十六年（875年）正月，又为张淮深所败。
唐末，归义军节度使张承奉建立西汉金山国，自称“金山白衣天子”。
咸平五年（1002），归义军再度与甘州回鹘发生战争，归义军内部发生兵变，曹延禄与其弟曹延瑞其族子曹宗寿胁迫自杀。曹宗寿掌握了归义军政权。
宋朝以羁縻对待，依然以曹宗寿为归义军节度使。
归义军也和辽朝开始通使。景德三年（1006年），喀喇汗王朝灭于阗王国，寺院僧人闻讯，十分恐惧，将文物藏在隐蔽的洞窟中，这就是日后的敦煌遗书。
大中祥符七年（1014年），曹宗寿卒，其子曹贤顺即位。
天禧四年（1020）和天圣元年（1023），曹贤顺曾两次向宋廷进贡物品。
景佑二年（1035年），归义军政权为李元昊所灭，第八任曹氏归义军节度使曹贤顺以千骑投降西夏。
南宋时期（1127-1279年）
宋朝西域三足鼎立
喀喇汗王朝是一些操突厥语的民族在新疆西部至中亚一带建立的政权。
由于喀喇汗王朝与萨曼王朝相邻，它因此成为萨曼王朝武力传播伊斯兰教的首要目标。
9世纪中叶以后，萨曼王朝就不断发动对喀喇汗王朝的“圣战”，占领了喀喇汗王朝的大片领土。
893年，喀喇汗王朝的副都怛逻斯被萨曼王朝攻陷，驻守怛逻斯的副汗奥古尔恰克被迫迁往喀什噶尔。
不久，萨曼王朝发生内讧，争夺王位失败的纳斯尔王子潜逃到喀什噶尔向奥古尔恰克寻求庇护。
奥古尔恰克为了利用萨曼王朝的矛盾，不但允许纳斯尔在喀什噶尔避难，还任命他为阿图什地区行政长官。
纳斯尔到阿图什后不久，就利用他和奥古尔恰克的特殊关系，施展“牛皮巧计”，使一贯敌视伊斯兰教的奥古尔恰克同意他修建清真寺的要求。
纳斯尔回到阿图什后，立即宰杀了一头黄牛，把牛皮割成细条连结起来，然后用这条牛皮绳围了很大一块地，在上面建立了一座大清真寺――阿图什大清真寺。
这是新疆历史上的第一座伊斯兰教清真寺。
纳斯尔不仅建造了清真寺，还把喀喇汗王朝的的一名重要成员萨图克·布格拉汗发展成为穆斯林。
萨图克原是喀喇汗王朝大汗之子，幼时丧父，后随叔叔奥古尔恰克生活。
相传奥古尔恰克曾答应等萨图克长大后就把权力移交给他。
但在他长成后却没有兑现诺言，萨图克对此十分不满。
后来他常常去阿图什打猎，在这里认识了纳斯尔并成了朋友。
不久，萨图克就在纳斯尔的说教下秘密加入了伊斯兰教，还取了一个“阿不都·克里木”的教名，成为喀喇汗王朝第一个接受伊斯兰教王室成员。
阿图什大清真寺的建立和萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教，是伊斯兰教传入新疆的两个重要标志。
这两个事件大约发生在9世纪末至10世纪初，这就是说，伊斯兰教这时已传入新疆。
萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教后，即在纳斯尔的帮助下开始了秘密传教活动。
经过十多年的努力，在他周围已聚集了几百名穆斯林。
910年（一说915年），萨图克·布格拉汗在中亚穆斯林的支持和帮助下，依靠这支穆斯林武装发动宫廷政变，夺取了政权。
此后萨图克即利用权力强制推行伊斯兰教。
其子穆沙·阿尔斯兰汗继位后，发动了伊斯兰化运动，继续大力推行伊斯兰教。
960年，20万帐游牧民接受伊斯兰教。
同年穆沙·阿尔斯兰汗宣布伊斯兰教为国教。
至此，伊斯兰教经过两代统治者约半个世纪的推行，终于成为喀喇汗王朝的主要宗教。
萨图克·布格拉汗父子强制推行伊斯兰教的做法，遭到佛教及其他宗教信徒的强烈不满和反抗，各地不断发生反对强制改宗伊斯兰教的暴动。
信仰佛教的于阗王国和高昌回鹘王国对喀喇汗王朝的做法也十分不满，所以对喀什噶尔等地佛教徒的反抗给予了支持。
962年，穆沙·阿尔斯兰汗以此为口实，发动了对于阗王国的“圣战”。战争初期，由于于阗得到信奉佛教的高昌回鹘和吐蕃的支持，占据了优势，曾一度攻占喀什噶尔。
但在此后的长时间里双方互有胜负，战争呈拉锯状态。
期间，穆沙．阿尔斯兰汗去世。
其子阿里·阿尔斯兰汗继位后，继续同于阗进行战争。
998年，双方在今英吉沙与疏勒交界处展开激战，可汗阿里·阿尔斯兰汗阵亡，喀喇汗王朝大败。
999年，喀喇汗王朝消灭中亚的老对手萨曼王朝后，将中亚的军队调往新疆，投入同于阗的战争。
这支生力军的参战，使战争形势急转直下，喀喇汗王朝的军队一直挺进到于阗城下，经长期围困后于1006年攻陷于阗城，于阗王国灭亡。
于阗国灭亡后，于阗的佛教徒凭借天时地利人和的有利条件，同伊斯兰占领者展开了激烈战斗。
在今策勒县达玛沟一带，不愿改宗伊斯兰教的佛教徒同伊斯兰占领者进行了长期的斗争，当地因此有了一个“乌尊塔特”（意思是“长期坚持异教的地方”）的地名。
从中亚带兵参加于阗战争的四个伊玛目，就是在策勒一个名叫波斯坦的地方被当地佛教徒杀死的，当地现存的“四伊玛目麻扎”，就是埋葬他们的坟墓。
于阗佛教徒的反抗大约持续了半个世纪之久。关于这场战争，至今和田民间仍有“百年战争”之说。
随着于阗王国的灭亡，佛教也结束了在这个地区千余年的统治地位。
从此，佛教势力退出了塔里木盆地西部和南部地区。
在近一个世纪的时间里，塔里木盆地西部至南部地区成为刀光剑影、硝烟弥漫的战场。
长期的战争给这一地区的社会经济造成了空前严重的破坏，给广大劳动人民带来了深重的灾难，严重阻滞了南疆地区社会的发展。
在喀喇汗王朝同于阗王国的宗教战争中，由于高昌回鹘支持于阗，因此与喀喇汗王朝的关系逐渐恶化，喀喇汗王朝对信仰佛教的高昌回鹘人恨之入骨。
所以，喀喇汗王朝在灭亡于阗王国后不久，就发动了对高昌回鹘的“圣战”。
喀喇汗王朝的大汗阿赫马德·托干汗亲自组织和指挥了对高昌回鹘的“圣战”。
他率军从八拉沙衮（在今哈萨克斯坦托克马克一带）出发，越过伊犁河，攻入高昌回鹘境内。高昌回鹘出兵迎击，打退了入侵之敌。
1017年，高昌回鹘发兵30万，跟踪追击，一直挺进到距八拉沙衮八日路程的地方。正在患病的阿赫马德·托干汗不得不抱病组织人马进行反击，打败了因长途奔袭而疲惫的高昌回鹘军队。
阿赫马德·托干汗又亲自率军追击，并再次攻入高昌回鹘境内。
双方展开了殊死的拚杀，战斗十分激烈。
喀喇汗王朝的军队于所到之处，像在于阗一样，不仅对不信伊斯兰教的回鹘人进行了残酷的屠杀，对回鹘佛教寺院也进行了大肆破坏：“我们如潮水而至，攻陷了大小城池，佛像庙宇全捣毁，给菩萨拉屎撒尿。”
高昌回鹘对入侵的喀喇汗王朝军队进行了顽强的反击。
正当战争进行中，阿赫马德·托干汗病情加重，喀喇汗王朝不得不撤兵罢战，对高昌回鹘的这次“圣战”无果而终。
喀喇汗王朝对高昌回鹘王国的宗教战争结束后不久，统治集团内部矛盾加剧，喀喇汗王朝因此分裂为东、西两个政权。
东、西喀喇汗王朝之间以及两政权统治集团内部矛盾重重，陷入了无休止的内争，无力再发动对外的伊斯兰圣战。
伊斯兰教在新疆的第一次传播高潮也就此结束。
成吉思汗在征服西域后，把今新疆地区分封给了他的次子察合台。察合台在新疆建立的地方政权称为“察合台汗国”。
察合台汗国统治前期，遵守成吉思汗的法令，对各种宗教一视同仁，不强制推行任何宗教。
但是后来的统治者秃黑鲁帖木儿汗改变了这一政策。
1353年，秃黑鲁帖木儿汗接受了伊斯兰教，成为新疆地区第一位加入伊斯兰教的蒙古可汗。
入教伊始他就强迫蒙古王公大臣皈依伊斯兰教，接着又在额西丁和卓家族的支持、配合下，在全汗国境内强制推行。
不久，阿力麻里就有16万蒙古人集体加入了伊斯兰教。
库车佛塔遗迹
库车苏巴什佛寺遗迹
额西丁和卓在秃黑鲁帖木儿汗的支持下，带领名为“库车伊斯兰社团”的传教组织进入库车，强迫当地佛教徒改变信仰，接受伊斯兰教。
库车的佛教徒进行了顽强的反抗，举行了暴动。
秃黑鲁帖木儿汗很快派兵镇压了暴动。“库车伊斯兰社团”乘机对库车的佛教徒进行了残酷的迫害，对佛教文化进行了毁灭性的破坏。
他们强迫佛教徒接受伊斯兰教，对抗拒者则大肆屠杀，迫使佛教徒被迫加入伊斯兰教；
他们拆毁佛教寺院，捣毁佛像，焚烧佛教经典，具有一千多年历史的库车佛教文化几乎被破坏殆尽。
继于阗之后，新疆的又一个佛教中心就这样在血与火的清洗中湮灭了。
秃黑鲁帖木儿汗的后裔都把伊斯兰教作为维护统治和进行扩张的工具。
黑的儿火者汗在执政后不久，就发动了对吐鲁番的“圣战”。
在攻占吐鲁番后，狂热的伊斯兰士兵对这里的佛教徒进行了血腥屠杀，对佛教文化进行了彻底的破坏。
近代考古发现，出土的古代文献往往带有人为破坏的痕迹，有的是被有意撕毁的，有些则明显是被焚烧过的。
这些被烧剩的残卷，正是当时伊斯兰占领者放火焚烧寺院时，因房屋或院墙倒塌被压在下面才幸尔保存下来的。
在一些佛教寺院遗址里，还发现无数被撕得粉碎的佛教典籍浸泡在被杀僧侣的血泊中，经过几百年已凝结成硬如石头的东西，旁边有缺头断足的尸骨。
继黑的儿火者汗之后的穆罕默德汗是一个极端狂热的伊斯兰教推行者。
据穆斯林史书《中亚蒙兀儿史—拉失德史》记载，穆罕默德汗规定，所有的蒙古人都必须接受伊斯兰教，遵守教规，按时礼拜，并要带上“缠头巾”，违者严加惩处。
惩罚措施极其严厉，包括用马掌铁钉入犯者的头颅骨。察合台汗国的蒙古人在这种严刑峻法的逼迫下，最后都被迫接受了伊斯兰教，以后逐渐融合到维吾尔等民族中去了。
16世纪初，伊斯兰教将佛教势力排挤出哈密。
哈密佛教遗迹
至此，伊斯兰教自传入以来，经过6个多世纪的传播和发展，最终取代佛教，成为新疆地区的主要宗教。
至此，从伊斯兰教传入新疆以来所形成的南疆以伊斯兰教为主要宗教，北疆以佛教为主要宗教的多种宗教并存的格局，演变为以伊斯兰教为主要宗教的并存的格局。但需要强调的是：虽然伊斯兰教成为新疆地区的主要宗教，但并不是整个民族都信仰伊斯兰教。
伊斯兰教作为新疆的主要宗教。一是传播地域广大，遍及南、北疆。二是信仰人数多。
清朝时期，随着乌孜别克族和塔塔尔族的迁入，维吾尔、哈萨克、回、柯尔克孜、塔吉克、乌孜别克、塔塔尔等七个民族中大多数人信仰伊斯兰教。
由于历史上这些民族中大多数人信仰伊斯兰教，伊斯兰教对这些民族的政治、经济、文化、社会生活乃至民族心理，都产生了深广的影响。中华人民共和国建立后，很多少数民族同志加入中国共产党、很多少数民族同志成为体制内干部，这些人自然就不信仰伊斯兰教，不信仰伊斯兰教的人数开始增多。
这一时期，佛教在伊斯兰教的排挤下一度衰落后，不见了昔日寺院林立、僧侣成群的盛况，信仰者只是在家中烧香拜佛，从事一些简单的佛事活动。
附简要时间进程（作者：秦蜀风雨）
751年，怛罗斯之战，唐军退守葱岭，黑衣大食因为内乱不能东进。
753年，唐军越过葱岭攻占大勃律。
755年，安史之乱爆发，安西、北庭派兵支援内地。
766年，吐蕃切断河西，790年，北庭陷落于吐蕃，随后安西唐军、回鹘援军与吐蕃军几番攻守。
808年，安西据点最终陷落于吐蕃。
810年，回鹘夺回北庭，与吐蕃在天山南北对峙。
821年，唐、吐蕃、回鹘三国弥兵会盟，西域停战，由吐蕃、回鹘分治，即吐蕃化、回鹘化。
846年，瓜、沙二州的汉人起义。
851年，光复河西十一州，唐设归义军镇，张议潮为归义节度使。
866年，归义军的仆固俊一部光复北庭，其后代建立高昌回鹘，在此前后，于阗光复，在唐末建立于阗李朝，西域大部分恢复为汉化势力。
五代时期，回纥一部在西域的西部建立黑汗王朝，某代君主开始信奉伊斯兰教。在S战推动下，黑汗于11世纪初攻占了于阗李朝，不久西夏攻灭归义军，西域的汉化势力只剩高昌回鶻。
据部分考证，仅过数年，于阗再次光复，只是势力不复从前，或其作为黑汗王朝的藩属国存在。
1131年，辽国残部耶律大石在西域建立西辽，随即统一了西域并延展到中亚，重振了西域汉化势力。
13世纪初，蒙古人西征灭辽，摧毁西域、中亚、西亚、东欧的各种势力。色目人成为蒙古人的可靠帮手，西域伊斯兰化反弹加剧。
14世纪后半叶，明朝崛起，但未能入据西域。
15世纪初，明朝控制哈密一带，但西域的伊斯兰化大局已定。明代中叶以后，虎踞西域的蒙古势力逐渐东侵。
17世纪后半叶到18世纪中期，西域被蒙古人准噶尔汗国统治。
清朝中期以后，满蒙藏联盟式的帝国得到巩固，而伊斯兰化已进一步到了黄帝的故里陕西。
作者：科西嘉岛男爵，来源：第一书评岛
